Ves Fláje je poprvé zmíněna roku 1346 jako farní, náležející freiberskému vikariátu a spolu s ním míšeňské diecézi. Zakladatel Flájí sice není znám ale snad jím byl někdo z pánů z Rýzmburka, kteří je roku 1398 prodali Míšeňským.
Za vlády Jiřího z Poděbrad se dostala celá oblast vč. Mostu zpět do vlastnictví české koruny. Poté se zde vystřídalo několik majitelů a roku 1523 je získali Lobkovicové.
Ti Fláje vlastnili až do roku 1651, kdy přešly do vlastnictví Valdštejnů. Od poloviny 16. století se zdejší obyvatelé, pravděpodobně pod saským vlivem, hlásili k protestantismu. Měli zde i svou modlitebnu. Teprve za protireformačního působení mosteckých kapucínů, mezi lety 1667–70, byl rozšířen katolický kostel, vystavěna fara a obnovena škola. Po celou dobu existence byly Fláje malou vsí, např. roku 1583 zde žilo 9 usedlých mimo rodinných příslušníků. V 18. století zde hospodařilo 34 rodin, 2 mlynáři, 2 krejčí, řezník, forman a o pasení dobytka se staral obecní pasák. Ves měla školu s učitelem. V následujícím století se ves rozrostla až na půl tisícovky obyvatel (roku 1833 491 a roku 1850 603 osob) žijících v 88 domech. Druhá světová válka se Flájí příliš nedotkla krom toho, že zde 12. 5. 1944 spadl americký bombardér poručíka Jacka C. Moora a 2. 3. 1945 se přímo do vsi zřítil německý Focke-Wulf 190. Patřil k letecké jednotce 8./JG 301, zvané Wilde Sau – Divoké svině. Pilot Jürgen Dietrich zahynul. V okolních lesích se také ukrývali němečtí dezertéři.
Po válce odsud bylo německé obyvatelstvo vystěhováno a v padesátých letech obec zanikla v důsledku stavby přehrady.